城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克饰）、拉斐尔（阿伦·瑞奇森饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔饰）并肩作战打击恶徒在史莱德逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。