一群天真可爱、性格迥异的蔬果宝贝，在生机勃勃的蔬果小镇里快乐地成长。但是他们却不知道危机正悄然来临，海归的博士菜青虫继承了枯树城堡，野心勃勃的他一心想把蔬果镇占为己有……为了侦查蔬果小镇，菜老板收编果蝇三哈，组成了害虫团伙对蔬果小镇展开了侦察，却被蔬果宝贝识破，赶跑了害虫。菜青虫不甘心策划了第二次进攻，派果蝇三哈对蔬果小镇的外围阵地进行无数次进攻，攻占蘑菇塔，绑架蔬果宝贝。在进攻过程中，果蝇三哈傻头傻脑机械盲目的执行任务，结果却闹出笑话不断。蔬果宝贝团结一心，想出各种巧妙的法子和害虫斗智斗勇。之后，狡猾的菜青虫发明出了很多道具，洋葱喷雾，噪音袋，磁力控制器对蔬果小镇进行不断的骚扰，还运用各种骗术、狡猾的伎俩来骗蔬果宝贝，让他们交出蔬果小镇。蔬果宝贝在菠萝的带领下将计就计，用巧妙的机关和计策将害虫打败。恶毒的菜青虫连连失败，决定用最恶毒的办法——环境污染来对付蔬果宝贝，他让果蝇三哈用苦笑气体、风沙机、球草攻击蔬果小镇，破坏环境。蔬果宝贝为保护绿色家园，奋力抵抗，他们用坚强和智慧打败了害虫，让蔬果小镇恢复了生机。最后，蔬果宝贝迎来了丰收节，而菜老板却在准备最后一次绝地大反攻，他运用所有的武器，蔬果宝贝齐心合力，击溃了菜青虫的毁灭性进攻。菜青虫逃跑了，他去了虫虫大学苦修博士后……