五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼DavidDuchovny饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森GillianAnderson饰）被迫调任处理一些平常的案件某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事，但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步……本片为同名美剧的第一部剧场版。