绿色草原是个能够使人和宝可梦都心境安宁的地方，在这里住着秀力博士和他的女儿小美。有一天，秀力博士在遗迹里研究神秘宝可梦的时候，不小心被吸进异次元内，小美十分思念父亲，没想到竟因此唤醒了未知图腾。未知图腾将小美的心灵以结晶化呈现，最后更创造出小美最喜欢的幻之宝可梦——炎帝，小美因此误以为爸爸变成炎帝的模样回来了，炎帝为了实现小美的心愿，开始充当她的爸爸。小智的妈妈和秀力博士是旧识，因为担心小美而赶来，并这里碰到刚结束对战来到这里休息的小智他们。没想到炎帝却从结晶塔中出现，将小智的妈妈暂时催眠后强行带走。得知整件事情的经过后，小智等人于是并决定前往结晶塔，救出小智的妈妈，并让小美脱离那里……